Laporan Khusus

ITMI-Cloudera Tingkatkan Pengobatan Presisi

19-06-2017

Jakarta, beritasurabaya.net - Cloudera, Inc. penyedia platform terkemuka dan modern untuk pembelajaran mesin (machine learning) dan analitik canggih yang dibangun atas teknologi open source terbaru, mengumumkan bahwa Inova Translational Medicine Institure (ITMI), lembaga penelitian medis terkemuka di dunia, terapkan Cloudera Enterprise guna menganalisis sejumlah besar data klinis dan genomik dengan tingkat kecepatan dan skala yang belum pernah terjadi sebelumnya. Ini mendukung inovasi yang lebih cepat di bidang penelitian medis translational.

Sebagai bagian dari Inova Center for Personalized Health (ICPH), tim ITMI yang terdiri dari sekumpulan ilmuwan, peneliti, analis dan kolaborator terkemuka menggunakan algoritma pembelajaran mesin pada sejumlah besar informasi klinis dan genomik (dalam hitungan terabyte) guna mengidentifikasi hubungan genetiknya pada banyak penyakit. Mereka memperoleh temuan-temuan dari wawasan data dan melalui kerja sama dengan dokter yang bertanggung jawab, mengembangkan rencana perawatan yang terpersonalisasi untuk pasien.

Pendekatan ini juga dikenal dengan sebutan pengobatan presisi (precision medicine) dan memiliki kekuatan untuk membantu pasien hidup lebih lama dan lebih sehat. Genetika merupakan faktor dari sebagian besar penyebab utama kematian di Amerika Serikat, termasuk penyakit jantung, kanker, dan diabetes.

Lembaga penelitian Inova mengumpulkan data klinis dari ribuan pasien Inova yang lahir di lebih dari 110 negara. DNA unik dari satu orang saja mengandung enam miliar bit informasi. Memetakan kode DNA seseorang menjadi rangkaian genom membantu para ilmuwan dalam menentukan penyebab penyakit dan menemukan pengobatan yang transformatif.

Sebagai bagian dari proses ini, ITMI juga tengah menghimpun apa yang diharapkan akan menjadi salah satu database rangkaian genom terbesar di dunia yang terhubung dengan informasi pasien di suatu sistem layanan kesehatan.

Menurut Chief Data Officer, ITMI, Aaron Black, Senin (19/6/2017), tantangan bagi para peneliti dan ilmuwan ITMI adalah dalam menganalisis sejumlah besar data mentah yang sangat rumit dengan lebih cepat dan efisien, serta menterjemahkan wawasan menjadi perawatan pasien yang praktis. “Kami sekarang dapat memperoleh jawaban dalam hitungan menit dan detik, serta dapat menemukan korelasi yang sebelumnya tidak dapat kami lihat,”kata Aaron Black.

Ia menegaskan bahwa peneliti biasanya menghabiskan 80 persen waktu mereka untuk menyusun data-data (data wrangling) dan hanya menghabiskan sedikit waktu untuk menganalisis. Dan ITMI sedang dalam proses untuk memutarbalikkan hal tersebut.

”Kini, kami dapat percepat laju penemuan genomik dan secara dramatis mengubah cara kami berinteraksi dengan tim peneliti. Kami meyakini hal ini dapat meningkatkan kemampuan kami dalam menyediakan perawatan yang tepat untuk pasien yang tepat, dan pada akhirnya meningkatkan hasil akhir. Apa yang telah dilakukan Cloudera adalah membuat semua ini menjadi lebih cepat terwujud,”paparnya.

Platform Cloudera mendukung ITMI mampu merampingkan analisis data genomik mereka untuk menghasilkan temuan-temuan. Analisis data genomik ini memungkinkan ilmuwan bioinformatika untuk mempelajari korelasi genomik dari orang-orang yang mengidap radang sendi, penyakit autoimun, atau kanker.

Di masa lalu, mengingat jumlah keseluruhan genom yang sangat besar, ITMI membutuhkan waktu sekitar 2 bulan untuk menyelesaikan proses ini. Dengan menggunakan Cloudera, ITMI dapat mengerjakan analisis data end-to-end dalam kurun waktu satu minggu. Ke depannya, ITMI berharap dapat menyelesaikan analsis data ini dalam hitungan jam saja.

Bekerja sama dengan Cloudera, ITMI membangun sebuah infrastruktur bioinformatika kelas dunia untuk koleksi data genom milik Inova yang bertumbuh pesat yang dipasangkan dengan data-data klinis. Infrastruktur ini dirancang untuk menyimpan dan memproses konvergensi data biologis ini, dengan tingkat kecepatan dan skala yang mumpuni, hingga seterusnya di masa depan.

Meskipun satu genom menyamai lebih dari tiga miliar pasangan basa DNA, ITMI saat ini mencatat sekitar 9.000 genom yang diurutkan seluruhnya, yang akan mencapai 15.000 genom ke depannya. Database analitik modern milik Cloudera yang didukung oleh Apache Impala (incubating) menghadirkan analitik SQL berkinerja tinggi ke dunia big data.

Melalui fleksibilitas, skala dan kecepatan yang Cloudera hadirkan, tim ITMI akan menerapkan konkurensi multipengguna dan analisis berkinerja tinggi dari data genomik yang terkumpul dari para ibu, bapak, dan bayi-bayi yang terdaftar dalam berbagai studi basis keluarga. Contohnya, ITMI mampu memanfaatkan keahlian analisis klinis dan genomiknya membantu menemukan anomali bawaan yang sebelumnya tidak terdiagnosis pada bayi. Proses ini memakan waktu dan bersifat berulang, namun dengan tool seperti Cloudera, ITMI bisa mempercepat penemuan ini untuk membantu keluarga-keluarga tersebut.

Industry Leader, Health and Life Science di Cloudera, Shawn Dolley, mengatakan, arsitektur big data edge Inova yang unik dan terkemuka cocok dengan keragaman komunitas pasien dan luasnya inovasi mereka. Cloudera bangga dapat bekerja sama dengan para pelopor di bidang genetika klinis tersebut, yang tengah memajukan penelitian genomik dan layanan kesehatan yang terpersonalisasi.

“ITMI sedang mengembangkan cara para peneliti dan dokter mengonsumsi dan mengelola data genomik dan molekuler. Mengombinasikan data klinis dan genetik, serta memanfaatkan pembelajaran mesin, merupakan cara untuk mentransformasi keputusan yang kita buat dalam perawatan pasien, pencegahan penyakit dan kesehatan masyarakat yang presisi,”tambahnya. (noer soetantini)

Teks foto :

ITMI membangun sebuah infrastruktur bioinformatika kelas dunia untuk koleksi data genom milik Inova yang bertumbuh pesat yang dipasangkan dengan data-data klinis. Dengan memanfaatkan pembelajaran mesin dari Cloudera, merupakan cara untuk mentransformasi keputusan yang kita buat dalam perawatan pasien, pencegahan penyakit dan kesehatan masyarakat yang presisi,

Foto : Istimewa.

Advertising
Advertising